Existen varias versiones acerca del origen del nombre del balneario. Una de ellas es que el nombre proviene de un antiguo poblador de la zona, llamado José Ignacio Sylveira; otra versión es que refiere al nombre de un faenador o un tropero indio de las Misiones Jesuíticas. En 1763, el Virrey Cevallos creó una estancia en la zona, donde las tierras pertenecían al patrimonio fiscal y la llamó «José Ignacio».
En 1877, se inauguró el Faro de José Ignacio con el objetivo de evitar naufragios en la zona. La empresa Costa y Cía. fue la encargada de controlar el faro, hasta que en 1907, finalizó la concesión y la explotación del mismo pasó al Estado. En esa época la única forma de acceder al lugar era a caballo, en carruajes, o por mar.
El Faro de José Ignacio es símbolo del lugar, fue construido en el extremo más saliente y rocoso de la península. Su altura focal es de 32.5 metros, su alcance geográfico de 16.5 millas, y su alcance lumínico de 9 millas.
En 1907 el agrimensor Eugenio Saiz Martínez realizó el primer loteo de terrenos en el balneario. Sin embargo recién a finales de la década de 1920 se construyeron las primeras casas de material y la primera pulpería. En 1954 se construyó el camino que unía al balneario con ruta 9 y comenzó a funcionar el primer servicio de ómnibus con destino a San Carlos. En la década de 1960 llegaron los primeros veraneantes argentinos y con el tiempo el balneario fue el lugar elegido por muchos famosos para construir sus residencias de vacaciones, lo que impulsó también la instalación de restaurantes exclusivos.
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