Para llegar a Paysandú desde Montevideo, la capital de Uruguay, se puede tomar un autobús desde la terminal de Tres Cruces, que tarda alrededor de 5 horas.
También se puede llegar en coche tomando la ruta nacional 1 hacia el oeste y luego la ruta nacional 3 hacia el norte, un recorrido que tarda alrededor de 4 horas.
Desde otras ciudades del país y de la región, también hay servicios de autobuses y trenes disponibles.
El Aeropuerto Internacional de Paysandú Brigadier General Cesáreo L. Berisso se encuentra a unos 15 km del centro de la ciudad y ofrece vuelos regulares a Buenos Aires y otras ciudades de la región.
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