Punta Ballena tem uma rica história que remonta aos tempos pré-colombianos.
A área era habitada por povos indígenas, como os Charrúas e os Guarani, que se dedicavam principalmente à pesca e coleta de frutas.
No ano de 1516, o explorador espanhol Juan Díaz de Solís chegou à área, mas nenhum assentamento permanente foi estabelecido na região até o século XVIII. Durante a colônia, a área foi utilizada principalmente como ponto de descanso para os viajantes que se dirigiam a Montevidéu.
Em 1896, o empresário argentino Antonio Lussich adquiriu terras na região e ali estabeleceu uma fazenda. Lussich foi um importante botânico e conservacionista que introduziu inúmeras espécies de plantas exóticas e criou um jardim botânico na fazenda. Hoje, o Jardim Botânico Lussich é uma das principais atrações turísticas da região.
A partir da década de 1950, Punta Ballena começou a se desenvolver como um importante destino turístico, graças às suas belas praias e paisagens naturais. Na década de 1960, o artista uruguaio Carlos Páez Vilaró construiu a Casa Pueblo, uma espetacular casa-museu com vista para o mar que se tornou um dos ícones mais reconhecidos da região.
Hoje, Punta Ballena continua sendo um dos destinos turísticos mais populares do Uruguai, com uma grande variedade de atividades e atrações para os visitantes.
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